[QMC@Home] Topic ufficiale

[showa]

QuantumMonteCarlo@home

Questo è il topic ufficiale. Per non generare dispersioni di topic, si prega di usarlo per postare domande, osservazione e quant'altro relativo al progetto.


Ambito: Chimica

Sito ufficiale: http://qah.uni-muenster.de/
Da questa pagina, ovviamente, si può accedere a tutte le parti del sito. Scopo del progetto (diviso in due parti): http://qah.uni-muenster.de/scientific.php

Introduzione tradotta/adattata dal sito ufficiale:
Viviamo in un mondo pieno di molecole: queste costituiscono i nostri corpi e le reazioni fra le molecole sono i fenomeni essenziali che stanno dietro a tutti i processi vitali. Respiriamo, mangiamo e consumiamo le molecole ogni giorno.
Avendo questo in mente, ognuno può immaginare la grande importanza che implica la conoscenza della struttura delle molecole, oltre all'utilità di saper fare previsioni accurate sulla reattività molecolare.
La teoria quantistica in linea di principio ci permette di predire la struttura e la reattività di tutte le molecole, ma le equazioni della Teoria quantistica diventano incredibilmente complesse con l'aumentare della grandezza del sistema. Esatte soluzioni analitiche sono possibili solo per i sistemi più piccoli e per la pressochè totalità delle molecole di interesse per la chimica e le scienze biologiche nessuna di tali soluzioni è a noi nota.
La Chimica quantistica è la scienza che inventa delle intelligenti approssimazioni della Teoria quantistica per prevedere con grande accuratezza le informazioni molecolari. Nonostante ciò la soluzione delle pur approssimative equazioni quantiche chimiche per reali sistemi biologici richiede un grande ammontare di potenza di calcolo.
Quantum Monte Carlo (abbreviato QMC) è un nuovo metodo molto promettente di Chimica quantistica. Uno dei più importanti vantaggi del QMC è la sua abilità di eseguire calcoli massivamente paralleli, i quali possono essere utilizzati per allargare l'orizzonte dei sistemi calcolabili distribuendo il lavoro a centinaia o anche migliaia di processori.
Quantum Monte Carlo At Home (abbreviato QMC@Home) è un progetto per sviluppare ulteriormente il metodo Quantum Monte Carlo per l'uso generalizzato nella Chimica quantistica. Con l'aiuto di volontari di tutte le parti del mondo vogliamo acquisire la potenza di calcolo necessaria per testare e sviluppare ulteriormente le opportunità offerte dal promettente approccio di Quantum Monte Carlo.

Per aderire al progetto tramite BOINC:
Il progetto compare nell'elenco che presenta BOINC

TGM Team:
Fondato da dtpancio. Come nel caso degli altri progetti, si chiama TGM Team. Il link è http://qah.uni-muenster.de/team_display.php?teamid=1495

Statistiche del TGM Team:
http://boincstats.com/stats/team_gra...pr=qmc&id=1495

Stato del progetto e delle iscrizioni:
Il progetto è attivo, in preparazione per il termine della fase di Beta Test. Le iscrizioni sono aperte.

Presenza di un forum:
Sì. L'url è: http://qah.uni-muenster.de/forum_index.php I topic generalmente sono molto vecchi, a parte quello relativo all'ultima scarsità di WU. Segno probabilmente che non ci sono particolari problemi.

Disponibilità delle WU:
Generalmente ottima. Dal pomeriggio del 24/09/07 e per le successive 24 ore circa, il progetto non ha rilasciato nuovo lavoro. Poi la distribuzione è ricominciata.

Caratteristiche delle WU:
Le WU di QMC@Home hanno requisiti di durata, memoria e occupazione di disco proporzionate alla grandezza dei sistemi calcolati. WU più impegnative ovviamente daranno crediti più alti.
A differenza di Rosetta, non è possibile scegliere la durata delle WU da far elaborare al proprio pc. Al momento, le WU durano dalle 4 alle 72 ore su un pc da 2400 MHz (Intel P4). Naturalmente le durate su altri sistemi variano in relazione alla diversa potenza di calcolo. Si sta lavorando sugli algoritmi per rimpicciolire le WU. Non verranno date WU di durata superiore a 3 giorni su sistemi da 2400 MHz.
Anche i file da scaricare sono dimensionati sulle capacità del sistema: al momento le WU sono grandi pochi megabyte. Non verranno distribuite WU più grandi di 10 mega.
Il tempo per completare le WU sono indicativamente due settimane o 10 volte il tempo della CPU, prendendo sempre ad esempio sempre un sistema da 2400 MHz (comunque, il più alto fra i due valore).
Ci sono checkpoint variabili: ogni 5-20 minuti.
Dato che questo progetto è (ma ancora per non molto) in beta test, As our project is in beta test status we constantly adjust our plans to what is possible. Alcune delle caratteristiche appena citate potrebbero cambiare nella fase di produzione vera e propria.
Il tempo al completamento della WU è solo indicativo: l'effettivo termine viene costantemente aggiornato durante i calcoli. Una stima migliore è rappresentata dalla percentuale di completamento della WU.
Minimum quorum (numero di WU necessarie dotate di risultato affinché sia valida l'elaborazione): 1
Initial replication (numero di WU inviate): 1

Crediti:
A causa di numerose lamentele circa tentativi di barare, è stato abbandonato il sistema di assegnazione dei crediti standard di BOINC. Ad ogni serie di WU viene assegnato un CREDITO FISSO secondo un sistema interno al progetto. Esempi: WU da circa 3 ore danno circa 65 crediti. 13 ore, 310 crediti. 15 ore e mezza, 330 crediti.

Requisiti minimi a livello hardware/software:
- sistema operativo: Consigliato Windows 2000, Windows XP (anche 64 bit), Linux. Molti partecipanti utilizzano comunque Windows 98, 98SE, Millennium e 2003
- RAM: 100MB
- HDD: 30MB
- CPU: 1000Mhz o superiore. Il processore di riferimento è un Pentium 4 con clock di 2400Mhz
- Versione Boinc consigliata: l'ultima, a prescindere (nota mia)
In ogni caso, QMC@Home regola l’assegnazione delle wu disponibili in base alla potenza del sistema adottato.

Requisiti per lo screensaver:
- DirectX 9.0c o successivo per Windows
- GL, GLU, GLUT e TRUETYPE per Linux
Lo screensaver mostra la molecola in corso di elaborazione e la sua energia istantanea calcolata dal programma. E' possibile ruotare come si vuole la molecola. Personalmente lo trovo inutile (come nel caso di Rosetta), ma se proprio non si ha nulla da fare...

Curiosità:
Dalla home page si può cliccare su "User certificate" (http://qah.uni-muenster.de/cert.php): viene generato una specie di attestato dove si certifica che l'utente [nickame] ha contribuito con [numero delle operazioni in virgola mobile] sin dal [data di iscrizione al progetto]. C'è la "firma" del direttore del progetto, il logo di QMC e quello dell'università di Monaco. E' completamente inutile, ma è comunque carino

[dtpancio]

In che modo questo progetto può rivelarsi utile alla medicina?

[Gabi.2437]

Eh beh, tutto è formato da molecole, studiandone il comportamento in modo sempre più avanzato, specie utilizzando la fisica quantistica, molto promettente, ci saranno vantaggi in tutti i campi. Molti progetti medici fanno ricerche sulle molecole!

[Ilval]

ciao... ho joinato anch'io il team QMC@home! un po' lunghe le WUs però... BOINC mi dà 40 ore di stima

[Gabi.2437]

Si, le WU di QMC sono belle lunghette...però pagano bene come crediti

[showa]

@Ilval: il tuo account BOINC si chiama diev? Lo chiedo perché ho visto che quell'utente si è unito al TGM Team di questo progetto (non so quando, dato che è un po' che lo trascuro ) comunque sia, meglio così! Più siamo, meglio é

[Ilval]

si.. è il mio account e cmq alterno QMC a WCG

[dtpancio]

sto elaborando QMC@Home su tutti e quattro i core, e devo dire che questo progetto è impegnativo per la cpu, posto che ho temp più alte di circa 5-6°, un consumo maggiore di circa l'8-9%, e un vdrop che solo prime95 riesce a provocare.

sto cmq provando se effettivamente se con QMC@Home il rac medio aumenta..posto che pare che siano generosi a dare crediti.

[Gabi.2437]

Se vuoi ti passo SweetHawk, lui di RAC se ne intende

[showa]

Argh. Ho beccato 2 WU che sul pc di casa mi durano 31 ore! spero finiscano prima che SIMAP re-inizi a distribuire WU. Nella grafica dice hanno scadenze più lontane nel tempo rispetto alle normali, e assegnano un 10% in più di crediti.

[dtpancio]

Se vuoi ti passo SweetHawk, lui di RAC se ne intende

chi sarebbe costui?

Argh. Ho beccato 2 WU che sul pc di casa mi durano 31 ore! spero finiscano prima che SIMAP re-inizi a distribuire WU. Nella grafica dice hanno scadenze più lontane nel tempo rispetto alle normali, e assegnano un 10% in più di crediti.

saranno quelle che sto elaborando io..cmq all'inizio mi segnava 54 ore, ma sono già verso il 90%, e le finirò in 13 ore circa.

[showa]

Beh, tu hai il quad core overclockato! Io no

[dtpancio]

finite in 12 ore circa, mi hanno dato 848.84 crediti, che per quattro core fa quasi 3400 crediti. teoricamente quindi potrei avere un rac di 6800...sticazzi!

[showa]

[Gabi.2437]

chi sarebbe costui?



saranno quelle che sto elaborando io..cmq all'inizio mi segnava 54 ore, ma sono già verso il 90%, e le finirò in 13 ore circa.

E' il top RAC della Flotta Stellare, il tizio che ha il q6600 che fa 4200 e oltre RAC

[dtpancio]

beh come dicevo prima, potenzialmente io potrei avere un rac di oltre 6000...

[Gabi.2437]

ti fermi sui 4000 circa

[dtpancio]

lo dici tu?

[showa]

Dipende dalle WU che QMC assegna. Non è detto dia sempre quelle super-lunghe. Anzi.

[dtpancio]

già..infatti ora ne sto elaborando di più corte..o cmq diverse da prima, e dove non c'è più scritto che danno un 10% in più.

cmq fondamentalmente, al momento, si elaborano delle strutture di prova, solo per verificare l'effettiva efficienza del metodo montecarlo. teoricamente non servono a nulla ai fini scientifici, in pratica è giusto fare un'ampio beta testing prima di andarci ad elaborare proteine importanti.

[showa]

Sì. Mi ripropongo sempre prima o poi di aggiungere al post iniziale questo discorso, ma alla fine non lo faccio mai...

[dtpancio]

Dipende dalle WU che QMC assegna. Non è detto dia sempre quelle super-lunghe. Anzi.

ho finito una WUs di quelle più corte e senza il 10% in più e risultato è rapporto secondi/crediti praticamente invariato: 52 secondi per credito contro 51.5 secondi per credito..

[showa]

Non capisco come le stesse wu lunghe il tuo pc le abbia finite in meno della metà del tempo delle mie, pur non essendo veloce più del doppio.

[dtpancio]

mah non te lo so dire, cmq nel dettaglio ecco ciò che ho elaborato:

one3_ad_anthracene.15984_0 | 43,712.42 secondi | 848.84 crediti
one_30l_foldingexp.123_0 | 49,226.14 secondi | 850.53 crediti
three3_dd_hexadeca.8185_2 | 31,656.61 secondi | 608.89 crediti

le altre WUs elaborate sono riconducibili a queste tre tipologie. potendo verificare, è ancora vero che ci ho messo meno della metà del tuo tempo?

[showa]

mah non te lo so dire, cmq nel dettaglio ecco ciò che ho elaborato:

one3_ad_anthracene.15984_0 | 43,712.42 secondi | 848.84 crediti
one_30l_foldingexp.123_0 | 49,226.14 secondi | 850.53 crediti
three3_dd_hexadeca.8185_2 | 31,656.61 secondi | 608.89 crediti

le altre WUs elaborate sono riconducibili a queste tre tipologie. potendo verificare, è ancora vero che ci ho messo meno della metà del tuo tempo?

Io ho calcolato solo 2 WU il cui nome inizia per "one3_ad_anthracene". E appunto quelle sul tuo pc hanno impiegato meno della metà.