[Tanpaku@Home] Topic ufficiale

[showa]

Tanpaku@home

Questo è il topic ufficiale. Per non generare dispersioni di topic, si prega di usarlo per postare domande, osservazione e quant'altro relativo al progetto.

Ambito: Ricerca medica

Sito ufficiale: http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index_E.php
Da questa pagina si può accedere a tutte le parti del sito. Sezione relativa allo scopo del progetto: http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/doc/first_E.html

Introduzione tradotta/adattata dal sito ufficiale:
Tanpaku (termine derivato dal giapponese tanpaku-shitsu, che significa proteina) è un progetto che mira a risolvere il problema della previsione della "struttura delle proteine", appoggiandosi all'architettura di calcolo distribuito BOINC. E' sviluppato in collaborazione dai Laboratori Yamato (del Dipartimento di Scienze Biologiche e Tecnologiche) e Takeda (del Dipartimento di Scienze dell'Informazione) dell'Università delle Scienze di Tokyo.
C'è stato un grande interesse nella previsione delle strutture delle proteine tramite calcoli computerizzati. Sebbene la capacità computazionale è molto aumentata negli ultimi tempi, è tutt'ora difficile ottenere risultati in tempi ragionevoli, anche attraverso computer allo stato dell'arte.
Data questa situazione, I ricercatori hanno proposto vari metodi per superare questa difficoltà.
Nei nostri laboratori abbiamo sviluppato il "metodo della dinamica browniana" (basata sulla simulazione del moto browniano), che fin'ora ci ha dato diversi successi. Questo metodo ci permette di effettuare lunghe simulazioni impiegando meno tempo rispetto agli altri metodi convenzionali.
In ogni caso, per raggiungere lo scopo ultimo, cioè la previsione della struttura delle proteine partendo dalle loro sequenze di amminoacidi (conoscendo la struttura della proteina, si hanno molte informazioni sulla sua possibile funzione), è richiesta ancora più capacità di calcolo. Al fine di soddisfare questi requisiti, stiamo migliorando gli algoritmi di calcolo, oltre a simulare la dinamica browniana attraverso risorse computazionali maggiori. Ecco perché abbiamo lanciato il progetto Tanpaku sul distributed computing.

Per aderire al progetto tramite BOINC:
Il progetto compare nell'elenco che presenta BOINC

TGM Team:
Fondato da dtpancio. Come tutti gli altri, si chiama TGM Team. Il link è http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/team_display.php?teamid=821

Statistiche del TGM Team:
http://boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=tanpaku&id=821

Stato del progetto e delle iscrizioni:
Il progetto è attivo, in fase di alpha test. Le iscrizioni sono aperte.

Presenza di un forum:
Sì. L'url è http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/forum_index.php

Disponibilità delle WU:
Eccellente.

Caratteristiche delle WU:
Presenza di chekpoint: sì
Le WU sono molto diverse tra loro e hanno dimensioni variabili a seconda del tipo di proteina studiata.
Anche se questo progetto studia le proteine come Rosetta, a differenza di quest'ultimo non si può scegliere la durata di elaborazione. Sul mio Athlon 3800 + si va da un minimo di un'ora e mezza ad un massimo di 7 ore e mezza (durata massima vista fin'ora). Il tempo di completamento è di 10 giorni.
Utilizzo della RAM per singola WU: meno di 10 megabyte.
Minimum quorum (numero di WU necessarie dotate di risultato affinché sia valida l'elaborazione): 1
Initial replication (numero di WU inviate): 2

Crediti:
I crediti assegnati per le WU variano in base alla quantità di modelli elaborati. Più un pc è veloce, più modelli elaborerà nel tempo impostato per ogni WU e più crediti riceverà alla fine.

Requisiti minimi a livello hardware/software:
- Linux/x86
- Windows 95, 98, NT 2000, and XP
- Mac OS X (Intel)
- Linux/x86_64
- Versione Boinc consigliata: l'ultima, a prescindere (nota mia)
Non c'è nessuna configurazione hardware consigliata, però mi sento di indicare questo progetto come adatto a pc abbastanza performanti.

Screensaver:
Non presente.

[showa]

Sul pc di casa questa mattina ho settato di ricevere WU di questo progetto dopo un bel po' di inattività, poi sono uscito per andare al lavoro. Nel mio profilo però non vedo ancora alcuna WU "in progress": che abbiano finito il lavoro? Notato la stessa cosa?

[dtpancio]

no, io di tanpaku ho sempre molte WUs..

[showa]

Mmmmh, strano. Dovrò controllare sul pc di casa personalmente, allora.

[showa]

Mah... non capisco. Quando faccio l'update manuale del progetto, i messaggi che saltano fuori sono perfettamente normali:

08/10/2007 12.43.17|Project TANPAKU|Sending scheduler request: Requested by user
08/10/2007 12.43.17|Project TANPAKU|(not requesting new work or reporting completed tasks)
08/10/2007 12.43.22|Project TANPAKU|Scheduler RPC succeeded [server version 509]
08/10/2007 12.43.22|Project TANPAKU|Deferring communication for 31 sec
08/10/2007 12.43.22|Project TANPAKU|Reason: requested by project

ma di WU neanche l'ombra.

[showa]

Appena aggiornato il post iniziale con l'indicazione del minimum quorum e initial replication.
Si può notare come il progetto mandi un numero doppio di WU rispetto a quello necessario affinché l'elaborazione sia ritenuta corretta. Cosa succede alla seconda WU elaborata? Nel forum del progetto ci sono state diverse domande poste all'admin a questo riguardo, ma non è mai stata risposta. Un utente, in particolare, si è scagliato (a volte piuttosto violentemente) contro questa pratica, sostenendo che in questa maniera il progetto spreca il 50% delle capacità di calcolo degli utenti - dato che lui ipotizza la seconda WU venga semplicemente buttata via.
La questione è delicata, dato che Tanpaku, come gli altri, si basa sul volontariato delle persone, e se fosse davvero così, sarebbe una cosa molto ma molto grave. Oltretutto, ripeto, le domande in merito sono sempre state ignorate.
Scrivo questo per dovere di completezza. Non voglio allarmare nessuno con questo post. Io non do ragione all'utente che sostiene la seconda WU venga buttata nel cestino, sia chiaro. Sto contribuendo con piacere a questo progetto tutt'ora.
E' giusto per dovere di cronaca.

[dtpancio]

Beh immagino sia sempre per verificare la correttezza dei dati elaborati..
certo che ha più senso dare le stesse WUs a utenti diversi..

[showa]

E' quello che più o meno pensano tutti. Ma purtroppo una risposta ufficiale non è mai giunta, ed è una cosa senza senso - a meno che non sia davvero come sosteneva quell'utente. Cioé che per ragioni di pessima organizzazione del progetto la seconda WU veniva scartata. Mah!

[dtpancio]

beh verrà scartata dopo che vedono che è uguale alla prima..spero..

[Gabi.2437]

showa, ok quello che dici, ma è puro terrorismo psicologico, è stato ripetuto infinite volte che quasi ogni progetto manda più copie di una WU per sicurezza.

[showa]

Ripeto: NON voglio sconsigliare nessuno dal macinare per Tanpaku. Oltretutto vi sto partecipando io stesso, quindi... la cosa strana, e foriera di male interpretazioni, è la mancanza di risposte ufficiali da parte dei responsabili del progetto.

Di quelli visti da me, solo Tanpaku e Human Proteome Folding - Phase 2 mandano più WU del necessario.

[dtpancio]

showa, ok quello che dici, ma è puro terrorismo psicologico, è stato ripetuto infinite volte che quasi ogni progetto manda più copie di una WU per sicurezza.

ma qui la cosa è diversa..le WUs uguali vengono spedite ad utenti diversi, non allo stesso..

[showa]

Aggiornato post iniziale con l'occupazione della RAM di ogni singola WU.

[Gabi.2437]

ma qui la cosa è diversa..le WUs uguali vengono spedite ad utenti diversi, non allo stesso..

Eh? Da quel che so, è normalissimo che le copie vengano spediti a utenti DIVERSI...solo così si può avere più sicurezza...

[dtpancio]

sì appunto..ma da quello che ha detto showa, io ho evinto che ti fanno elaborare due volte la stessa WU..