Be cosi' a occhio, il problema non è degli HD (e fin li ci siamo tutti)
Ma l'analisi che hai fatto con malware bytes e le altre robe copre tutti i tipi di virus? Non è che coprono solo categorie specifiche? A me una volta è capitato un virus rompipalle che mi faceva lavorare la cpu e l'hard disk per il cazzo meglio se ricontrolli con altri programmi, tipo io ho nod32 (antivirus) e spybot (antispyware) e nulla è mai piu entrato.
Poi io direi prova a vedere se non è una insufficienza di alimentatore, che magari ci attacchi 10000 hd e periferiche varie e non ce la fa.
E senti, non è che hai installato Windows Gunuine Advantage (o un nome simile) che ti controlla se la tua versione di Windows è originale a ogni avvio? Perchè a me quello ha rallentato tutto un casino e ho dovuto usare il backup che avevo.