Qualcuno usa RASMOL?

[Buffalmacco]

Se c'e' qualche anima pia che usa questo programma mi potrebbe spiegare se e' possibile visualizzare solo un pezzo di proteina invece che tutta la struttura? (non ditemi di colorare di nero il resto... per favore!!!)

[sandman]

rasmol non so ma con pymol una mano te la posso dare


pero' non garantisco di rientrare prima del mese prossimo sul forum...

xke' non chiedi nella mailing list (pymol ne ha una, immagino anche rasmol)

[abaper]

può essere utile?

Quote:

How do I select residues in a particular chain?

The method for selecting a range of residues in a particular chain ... improved in RasMol version 2.6. It can now be done using the syntax "select 1-25:a" to select residues 1 to 25 in chain A. Similarly "select 25:a" and "select :a" will select just residue 25 in chain A and all of chain A, respectively.

In RasMol versions prior to v2.6, you'd have to type an atom expression of the form "select 1-25 and **a" where the final term is a primitive expression. This primitive expression is a wildcarded form of the form "cys37a" where the residue name and number are replaced by the wildcard "*".

Note that care has to be made to ensure that RasMol can determine which field is being specified. For example, although "select *a" will select all residues in chain A, if the chain identifier was a number, "select **1" would have to be used, as "select *1" denotes residue 1. To avoid any ambiguity, an optional colon character is now used to prefix the chain identifier, allowing expressions such as "cys:a", "cys35:1", "*:1" and even just ":1".

link:
http://www.rasmol.org/FAQ.html

[Buffalmacco]

abaper ha scritto ven, 31 marzo 2006 alle 09:38
può essere utile?

abbastanza utile ma non e' esattamente quello che cercavo.
sapevo selezionare dei pezzi, ma quello che mi serviva e' visualizzare solo quelli, finora cancellavo a mano il resto o li coloro di nero (ma rende le cose confusionarie lo stesso).
grazie per l'aiuto, non mi resta che leggermi la FAQ

[abaper]

magari è una domanda stupida. Ma una volta selezionati non puoi copiarli in un altro foglio(senza perder tempo a colorare tutto il resto di nero)?
Mi sembra strano che non funzioni il classico ctrl+c ctrl+v