Re: Siti attivi di proteine
Re: Siti attivi di proteine
Re: Siti attivi di proteine
beh, sul PDB. non immediatamente, ma puoi ricavare la posizione dei siti attivi facendo un cerchio sui ligandi.
alternativamente, PDBSUM o Relibase (specie quest'ultimo, ma mi sa che si paga x le cose interessanti che puo' fare)
ma tieni conto che per parecchie proteine il sito attivo non e' noto. x cui esistono programmi in gardo di suggerire possibili siti attivi. ma non son certo esperto nel campo.
Re: Siti attivi di proteine
Citazione:
sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 12:22
beh, sul PDB. non immediatamente,
ecco appunto. La risposta "sul PDB" poteva spingere cesco ad assumere un killer per farti fuori... credo che non gli diro' di questa risposta. http://forumtgmonline.futuregamer.it...icons/asd3.gif
Re: Siti attivi di proteine
mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...
Re: Siti attivi di proteine
oltre a quelli summenzionati questi possono esserti utili
www.ncbi.nih.gov/
www.hprd.org
Re: Siti attivi di proteine
si si ero proprio io... http://forumtgmonline.futuregamer.it...s/icon_lol.gif
altrimenti che me ne fregherebbe?
Re: Siti attivi di proteine
Citazione:
sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:39
mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...
scusa sand ma non ho capito molto bene.
Cosa sono HETATM non HOH e il cerchio quanto largo dovrebbe essere.
sono praticamente un profano...
Re: Siti attivi di proteine
Citazione:
Corax ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:58
oltre a quelli summenzionati questi possono esserti utili
www.ncbi.nih.gov/
www.hprd.org
grazie controllero'!
Re: Siti attivi di proteine
http://forumtgmonline.futuregamer.it..._icons/ehm.gif guarda che è corretto....
cmq si, intendevo dire che studiando buffalmacco da dottorando dovrebbe essere ferreterrimo su queste informazioni http://forumtgmonline.futuregamer.it...on_biggrin.gif
evidentemente toppai
Re: Siti attivi di proteine
esiste anche prosite, una banca che cataloga la sequenza, non la struttura, di domini e motivi proteici tra cui i siti attivi
Re: Siti attivi di proteine
Citazione:
Buffalmacco ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 19:54
Citazione:
sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:39
mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...
scusa sand ma non ho capito molto bene.
Cosa sono HETATM non HOH e il cerchio quanto largo dovrebbe essere.
sono praticamente un profano...
mai aperto un file pdb con un programma tipo notepad?
i record atomici sono classificati come 'ATOM' (la proteina) ed HETATM (acqua e ligandi varii, controioni etc).
il cerchio non dovrebbe essere tanto grande, basta che comprenda tutti i residui in contatto diretto col ligando, direi. fai max 8 angstrom intorno ad ogni ligando... cosi' includi anche possibili contatti mediati dall'acqua cristallografica - quella nel sito attivo puoi decidere se tenerla o meno,a seconda che tu stia cercando di studiare il modo specifico di binding del ligando presente o uno piu' generico.
Re: Siti attivi di proteine
Re: Siti attivi di proteine
http://www.ebi.ac.uk/fasta33/
http://www.expasy.org/
ne avevamo visto altri durante una lezione di chimica fisica, ma non li ricordo http://forumtgmonline.futuregamer.it.../icon_razz.gif
pdb e fasta (fast ei come diceva il prof) sono dei formati di file usati nella modellazione molecolare