[Simap] Topic ufficiale

[showa]

Simap

Questo è il topic ufficiale. Per non generare dispersioni di topic, si prega di usarlo per postare domande, osservazione e quant'altro relativo al progetto.

Ambito: Riceca medica

Sito ufficiale: http://boincsimap.org/boincsimap/
Da questa pagina si può accedere a tutte le parti del sito. Sezione relativa allo scopo del progetto (scritto in diverse lingue): http://boincsimap.org/boincsimap/navigation.php

Introduzione tradotta/adattata dal sito ufficiale:
Oggi, la comparazione delle sequenze delle proteine è lo strumento più potente a disposizione della biologia computazionale per la caratterizzazione delle suddette sequenza. SIMAP (Similarity Matrix of Proteins) è un database pubblico contenente le similarità di proteine già elaborate che giocano un ruolo chiave in diversi metodi bio-informatici. Contiene tutte le informazioni delle sequenze proteiniche pubblicate, ed è costantemente aggiornato. Lo sforzo computazionale per tenere SIMAP aggiornato è costantemente in crescita. Per favore, aiutate a tenere aggiornato SIMAP elaborando le similarità fra le proteine sul vostro computer.

Per aderire al progetto tramite BOINC:
Il progetto compare nell'elenco che presenta BOINC.

TGM Team:
Fondato da dtpancio. Come tutti gli altri, si chiama TGM Team. Il link è http://boincsimap.org/boincsimap/tea...hp?teamid=1520

Statistiche del TGM Team:
http://boincstats.com/stats/team_gra...=simap&id=1520

Stato del progetto e delle iscrizioni:
Il progetto è attivo, in fase di Beta Test. Le iscrizioni sono aperte.

Presenza di un forum:
Sì. L'url è http://boincsimap.org/boincsimap/forum/

Disponibilità delle WU:
Estremamente discontinua. Da quando partecipo al calcolo distribuito (fine agosto 2007), non è stata rilasciata alcuna WU. Da questa sera, di nuovo in distribuzione.

Caratteristiche delle WU:
Sul mio Athlon 3800 +, le Simap@home hanno durata di circa un'ora, le Hmmer il doppio. A prescindere da questo dato, come quelle di Spinhenge anche queste sembrano adattarsi a pc non dell'ultima generazione.
Presenza di checkpoint: sì
Grandezza indicativa delle WU: 2 mega (per l'applicazione Simap@Home); 5 e mezzo (per Hmmer@Home)
Tempo massimo di elaborazione: 5 giorni
RAM occupata per ogni WU: meno di 10 megabyte.
Minimum quorum (numero di WU necessarie dotate di risultato affinché sia valida l'elaborazione): 2
Initial replication (numero di WU inviate): 2

Requisiti minimi a livello hardware/software:
- 64 MB RAM per il client SIMAP (per chi ha una cpu non-SSE o per gli utenti di Linux)
- l'url da dove scaricare il suddetto client è: http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/appdownloads.php
- 64 MB di spazio libero su disco per il client SIMAP client
- Versione Boinc consigliata: l'ultima, a prescindere (nota mia)

Screensaver:
Non presente.

[showa]

Andiamo bene... han già finito le WU da distribuire... come si fa (e sarebbe una domanda da tipic delle FAQ) ad accrescere la quantità di WU che un certo progetto ti spedisce?

[dtpancio]

io ne ho ancora sei da finire di elaborare.

[showa]

Pure io ne ho circa quel numero lì. Ma non ne scarico più, dato che nella tab dei messaggi c'è il purtroppo classico "02/10/2007 0.19.35|boincsimap|Reason: no work from project".
Ho visto i risultati di un utente a caso di Simap, e ha in coda 400 wu (ha un quad-core)!!! Ecco perché mi chiedo come diamine si faccia a scaricare tutte le WU possibili (i responsabili del progetto ho letto hanno messo un tetto di 100 WU/giorno/pc).

[showa]

Ieri sera hanno ricominciato a dare WU. Spero continuino il più a lungo possibile.

[dtpancio]

già, ho visto.

[showa]

La distribuzione delle WU è finita. Il prossimo lotto inizierà verso il 1 Novembre.

[dtpancio]

per fare 13mila punti tutti al simap bisogna che tu gli abbia dato massima priorità!

[showa]

Il dual core di casa, uno dei dual core in ufficio e altri 2 pc del'ufficio elaboravano solo quello, praticamente.
E' che sapevo che la distribuzione delle wu era discontinua, ma volevo moltissimo parteciparvi, quindi nelle suddette macchine sono stato parecchio "monotematico". Mi sa che ripeterò la cosa dalla prossima distribuzione

[dtpancio]

e come mai così poche risorse al wcg?

[showa]

Ho iniziato da pochissimo ora ci lavora il dual core dell'ufficio che prima lavorava a Simap, e un AMD dalle prestazioni paragonabili, anche se mono-core (sempre in ufficio).

[showa]

La distribuzione del nuovo lotto di WU (dovrebbero essere 80.000) inizierà nella serata di oggi. In teoria, aggiungo io, dato che non sono mai stati "puntualissimi".
In ogni caso, teniamo quanto più libera possibile la coda dei lavori di BOINC (se interessa macinare per questo progetto, ovviamente )

[dtpancio]

mah io credo che smetterò di seguire quei progetti discontinui nell'assegnare le WUs. alla fine il calcolo distribuito ha ragione di esistere perché di potenza di calcolo non ce n'è mai abbastanza, ma per simap, per esempio, ci sono già abbastanza hosts da saturare ampiamente le richieste del progetto. e questi sono per esempio superlink, simap e predictor..

[showa]

SIMAP è discontinuo nella distribuzione delle wu perchè si basa sulle elaborazioni delle proteine fatte da altri progetti. Da quello che ho compreso. Quindi quando gli arrivano i dati, poi da le WU, altrimenti nisba.
Certo, il carico di lavoro non è esorbitante, e i 50.000 circa host attivi che vi partecipano riescono a finire il lavoro abbastanza presto. Però credo sia importante non solo analizzare le strutture delle proteine (per rimanere in quest'ambito), ma anche creare database delle similitudini.
Opinione personale, eh

[dtpancio]

ma non hai capito, non ho detto che non è utile. ho solo detto che se un progetto spesso è inattivo, significa che ci sono già abbastanza hosts che elaborano per lui..
quindi non ha bisogno di nuovi computers che elaborano. ok che tanto anche se continuo a elaborarli e non ci sono WUs, lo scheduler passa ad altri progetti, però tanto vale che li lascio da parte e bon..
ci sono progetti invece che non si interrompono mai e questo significa che potenzialmente, gli fa comodo potenza di calcolo in più.

[showa]

Si ricomincia!

[showa]

Per coloro che macinano questo progetto: vi è capitato recentissimamente di avere in coda WU di durata estremamente bassa? Io ora ne ho 7, che variano da 49 secondi a 30 minuti. Sono proprio curioso di vedere cosa mi dirà BOINC dopo che le avrò elaborate.
Nel frattempo, buona notte a tutti.

[showa]

Aggiornato post iniziale con l'occupazione della RAM di ogni singola WU.

[dtpancio]

com'è la distribuzione di WUs in questo periodo? io ho smesso di seguirlo.

[showa]

Ininterrotta dall'inizio di novembre. Da quello che ho capito nel forum, hanno iniziato anche a distribuire quelle di Dicembre (ok, non mancava molto ). E sempre se ho capito bene, entro gennaio o febbraio avranno 70 milioni di sequenze da far analizzare. Ma devo leggere meglio. Appena ho tempo copio/incollo il post in questione.

[dtpancio]

ok tranquillo, era solo per sapere!

[showa]

Ecco il post in questione:

Yes, it is as Jonathan said. We wanted to avoid a break that would empty the client caches and cause the typically huge server load when the next workunits are distributed. We have started to calculate the workunits of the new sequences from the november releases of the protein sequence databases. But the import from these databases is still in progress, due to the large number of new sequences (especially from environmental sequencing projects). So the third and last batch of the november sequences is expected to be ready tomorrow.
After this the continuous computing of environmental sequences will happen (I'd expect that we will have this kind of work until the end of january or even in february - in total there are approx. 70 million environmental sequences to be processed).

best regards
Thomas

[showa]

Le nuove WU il cui nome inizia per 8 ho notato sono più veloci di quelle che iniziano per 7. Non so se è dovuto a qualche ottimizzazione del progetto, o solo un batch così. In ogni caso, se ne fanno di più

[dtpancio]

io l'ho mollato..

[showa]

Eh, vedo!