[POEM@Home] Topic Ufficiale

[dtpancio]

Cos'è in soldoni il CASP?

[showa]

Da quello che ho capito, una "competizione" per determinare qual è il metodo migliore per predire la struttura delle proteine.

[showa]

Come spiegato in questo post, le wu relative al CASP si chiameranno data_161 e data_162.

[dtpancio]

Ok capito.

[showa]

Viste le prime WU relative al CASP8: si chiamano CASP_16X_XXXXXXXX

[showa]

Aggiornati i requisiti della RAM per le nuove WU del CASP8 (più pesanti del solito, ma niente di esagerato): fino a 180 mega, circa.

[Gabi.2437]

Beh nemmeno tanto...

[showa]

Dalla prima pagina del sito:
May 28, 2008 - Server upgrade today, CASP status

The project will be offline for a few minutes, because of a server upgrade today.
As to the CASP progress: The first workunits have been submitted (everything up to Target 0391) and the targets currently in progress are also doing fine. Thanks for your support!
The upgrade is now done - please report possible regressions in the forum.

[showa]

Stiamo per tornare ad essere il secondo team italiano per questo progetto. Infatti il rac di Boint.Italy è aumentato vertiginosamente dato che Poem è stato eletto loro progetto del mese.
Lo SO, e sono IO il primo a dire che NON si partecipa al calcolo distribuito solo per una mera questione di competizione. Però c'é ANCHE l'aspetto classifica
Vabbeh dai, era un post più che altro per movimentare un pelo questa sezione, dato che da un paio di giorni non si muove foglia

[dtpancio]

purtroppo boinc.italy è decisamente fuori target per noi..

[showa]

Importante (e MOLTO ben fatto) aggiornamento della pagina dei risultati: http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage

[showa]

Altra importante novità. Come scritto nella home page, dal 24/01 all'08/02 POEM "ospiterà" le WU del "Benefiz Crunching project", il quale viene spiegato nella pagina Project.
Ne do una veloce traduzione (oltre la versione in originale):
Abbiamo identificato alcune precise sequenze proteiche, che possono penetrare nella membrana e arricchirla, e altre, apparentemente simili, che non possono. L'obiettivo primario dei "lavori sui peptidi" è trovare degli indizi nella struttura per capire perché alcuni peptidi possono entrare. Le WU perciò non sono i soliti tentativi di folding, ma piuttosto simulazioni termodinamiche a temperatura fissa, per delucidare la natura della capacità permeativa.

(We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.)

Dtpancio è citato fra gli utenti più "bravi".

[BaRtUc]

Dtpancio è citato fra gli utenti più "bravi".

[Gabi.2437]

Bel progetto, bisogna elaborare di più, installiamo BOINC sul server di TGM

[showa]

Ah beh, farei di più io allora con un Celeron....

[BaRtUc]

Tra l'altro cough cough le wu hanno un ottimo rapporto tempo/crediti assegnati.

[Gabi.2437]

(si ma basta usare imageshack, usate uploadgeek)

In effetti hai ragione

[dtpancio]

Dtpancio è citato fra gli utenti più "bravi".

citato dove?

[showa]

http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=projectpage <- quando ho scritto il post, in questa pagina c'eri anche tu. Evidentemente, dato che non ci sei più, aggiornano la lista...

[dtpancio]

ma dici che ero lì perché ho elaborato una WU che è stata utile alla ricerca?

[showa]

Da quello che ho capito io sì. Una specie di User of the day per Rosetta.

[Gabi.2437]

C'è pure bartuc

[BaRtUc]

Succedeva la stessa cosa con le wu di seti

[showa]

Nuovo "obiettivo" di questo progetto:
http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=projectpage

[showa]

http://www.youtube.com/watch?v=http://www.youtube.com/watch?v=EchPDQRRYq4
Poem, ma in genere il calcolo distribuito, è apparso in una trasmissione tedesca. Ben fatta, secondo me.