Siti attivi di proteine

[Buffalmacco]

Per qualcuno sara' una domanda stupida e mi scuso gia' da adesso.
Volevo sapere se esiste un database che contenga le posizioni dei siti attivi delle proteine, o se in qualche maniera e' possibile trovare questa informazione per alcune proteine che mi interessano assai

[vaitrafra]

ma non eri tu che studiava queste cose?

[skywolf]

Aragorn ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 11:01
ma non eri tu che studiava queste cose?

cmq si', e' lui, ecco xche' cerca le infos...

[sandman]

beh, sul PDB. non immediatamente, ma puoi ricavare la posizione dei siti attivi facendo un cerchio sui ligandi.

alternativamente, PDBSUM o Relibase (specie quest'ultimo, ma mi sa che si paga x le cose interessanti che puo' fare)

ma tieni conto che per parecchie proteine il sito attivo non e' noto. x cui esistono programmi in gardo di suggerire possibili siti attivi. ma non son certo esperto nel campo.

[skywolf]

sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 12:22
beh, sul PDB. non immediatamente,

ecco appunto. La risposta "sul PDB" poteva spingere cesco ad assumere un killer per farti fuori... credo che non gli diro' di questa risposta.

[sandman]

mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...

[Corax]

oltre a quelli summenzionati questi possono esserti utili


www.ncbi.nih.gov/



www.hprd.org

[Buffalmacco]

Aragorn ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 11:01
ma non eri tu che studiava queste cose?

si si ero proprio io...

altrimenti che me ne fregherebbe?

[Buffalmacco]

sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:39
mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...

scusa sand ma non ho capito molto bene.
Cosa sono HETATM non HOH e il cerchio quanto largo dovrebbe essere.
sono praticamente un profano...

[Buffalmacco]

Corax ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:58
oltre a quelli summenzionati questi possono esserti utili


www.ncbi.nih.gov/



www.hprd.org

grazie controllero'!

[vaitrafra]

skywolf ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 11:17

Aragorn ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 11:01
ma non eri tu che studiava queste cose?

cmq si', e' lui, ecco xche' cerca le infos...

guarda che è corretto....


cmq si, intendevo dire che studiando buffalmacco da dottorando dovrebbe essere ferreterrimo su queste informazioni

evidentemente toppai

[vinta]

esiste anche prosite, una banca che cataloga la sequenza, non la struttura, di domini e motivi proteici tra cui i siti attivi

[sandman]

Buffalmacco ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 19:54

sandman ha scritto gio, 29 giugno 2006 alle 18:39
mica e' tanto difficile, eh... si scaricano le proteine d'interesse, si scrive uno scriptino che cerca gli HETATM non HOH e si tira un cerchio intorno ad essi... si individuano i RESNUM coinvolti, ed ecco qua il tuo sito attivo. poi e' questione di visualizzare con Pymol con un occhio alla letteratura (nel file pdb della proteina trovi l'articolo che la descrive) e accertarsi che tutto sia in ordine...

scusa sand ma non ho capito molto bene.
Cosa sono HETATM non HOH e il cerchio quanto largo dovrebbe essere.
sono praticamente un profano...

mai aperto un file pdb con un programma tipo notepad?

i record atomici sono classificati come 'ATOM' (la proteina) ed HETATM (acqua e ligandi varii, controioni etc).

il cerchio non dovrebbe essere tanto grande, basta che comprenda tutti i residui in contatto diretto col ligando, direi. fai max 8 angstrom intorno ad ogni ligando... cosi' includi anche possibili contatti mediati dall'acqua cristallografica - quella nel sito attivo puoi decidere se tenerla o meno,a seconda che tu stia cercando di studiare il modo specifico di binding del ligando presente o uno piu' generico.

[Gabi.2437]

Vediamo,

http://mips.gsf.de/

http://www.pir2.uniprot.org/

Potrebbero andar bene come siti?

[ECZO]

http://www.ebi.ac.uk/fasta33/

http://www.expasy.org/


ne avevamo visto altri durante una lezione di chimica fisica, ma non li ricordo

pdb e fasta (fast ei come diceva il prof) sono dei formati di file usati nella modellazione molecolare