a questo punto è sicuramente lì il problema, ma sinceramente non so come aiutarti, ripeto la cosa più facile a questo punto è iniziare una nuova partita, anche perchè l'accesso a quella missione lo hai solo dopo aver ucciso borov e il fatto di trovare la porta semi socchiusa è sicuramente un bug, anche se tu hai ricevuto entrambi i codici.
quando tu interagisci con la porta senti il classico cicalino che ti avvisa di aver svolto una missione? se non lo senti abbiamo capito cosa è
non interagendo con l aporta col tasto F lui non considera conclusa la missione, però il fatto che tu trovi la porta semisocchiusa ti permette alla lunga di passare...
fai una cosa, se non lo hai già fatto, salva la partita a quel punto, poi apri il save più vecchio che hai, possibilmente prima di accedere ai laboratori ed interagire con la porta, poi cambia mappa, ritorna e vedi se la porta torna normale.
altrimenti ti tocca ricominciare!